工程抵款房和商品房的区别有：
1、工抵房和商品房的类别不同，工抵房指的是工程抵款房，其是一种房屋的实体，也就是把工抵房折算成货币以后在交给工程建筑方的房屋。工抵房在购买、交税、入住时和商品房并是无区别的。
2、风险不同，工抵房的情况比商品房要复杂一些，可能会出现无法过户的情况，而商品房都是经过相关部门检验才会上市的，所以基本上没有什么风险。
3、交易过程不同，有些工抵房并没有过户到债权人名下，所以在交易时还是要与开发商签合同，而有些工抵房则已经过户到了债权人名下，就需要与债权人签合同，商品房只要与房屋产权人签合同就可以。